简化基因组测序（Reduced-Representation Genome Sequencing, RRGS）是对部分基因组进行序列测定。它是指利用生物信息学方法，设计标记开发方案，富集特异性长度片段，应用高通量测序技术获得海量标签序列来代表目标物种全基因组信息的测序方法。
方案灵活：可根据每个客户的研究目标和内容灵活定制研究方案
重复性高：不经过片段大小选择，技术重复度好
数据可信度高：基于混合泊松分布模型的de novo SNP分型算法iML，有效去除重复序列对分型的干扰
细胞，动植物组织，血液，总DNA等
建议总DNA起始量＞20 μg，浓度＞100 ng/μl，
OD260/280介于1.8-2.0之间，并确保DNA无降解。
A：高密度SNPs标记开发的基本条件和设计理念是所获得的片段尽量在基因组上分布均匀，通过测定少量代表全基因组信息的序列获得的成千上万SNPs标记。首先要利用生物信息学方法对目标物种参考基因组（或已知BAC序列）进行系统分析，根据基因组GC含量、重复序列情况和基因特点等信息，选择相应的限制性酶以及测序文库类型，以保证分子标记的密度、均匀性、效率满足遗传分析和分子育种的需要。
A：简化基因组测序常用测序文库类型可以归纳为3个大类：①简化测序，包括简化文库（reduced-representation libraries，RRLs）和简化多态序列复杂性（complexity reduction of polymorphic sequences，CroPS）；②限制性酶切位点关联DNA测序（restriction-site-associated DNA sequencing，RAD-seq）；③低覆盖基因分型文库，包括多元鸟枪法基因分型（multiplexed shotgun genotyping，MSG）和基于测序的基因分型（genotyping by sequencing，GBS）。
茄子是第三个最重要的茄科作物（仅次于马铃薯和番茄），在2010年全球产量为41.8 Mt，是中东、东非、南亚地区和欧洲南部的重要蔬菜。通过遗传重组所得到的基因在具体染色体上线性排列图称为遗传连锁图谱。遗传连锁图谱是定位和分析植物和动物的复杂性状的重要资源。
利用Illumina的高通量测序平台，采用限制性酶切DNA（RAD）技术，对茄子进行单核苷酸多态性（SNP）的开发，完成其遗传图谱的构建，并对花青素苷呈色性状的数量性状位点（QTL）进行定位。
在茄子基因组上共发现了347个新的SNP标记和84个锚定标记，用431个标记中的415个标记构建了相应的茄子遗传连锁图谱。图谱跨越的总遗传距离为1390 cM，包含了12个连锁群。并据此对花青素苷呈色性状进行了相应的定位。结果显示其与七个性状相关，每个性状分别受一至六个数量性状位点（QTL）控制，并且其中至少有一个QTL起着主要作用。
Lorenzo Barchi, et al. A RAD Tag Derived Marker Based Eggplant Linkage Map and the Location of QTLs Determining Anthocyanin Pigmentation. PLoS One, 2012, 7 (8) : e43740.
