外显子组(Exome)是一个物种基因组中全部外显子（Exon）区域的总和，该区域包含着合成蛋白质所需要的信息，涵盖了与个体表型相关的大部分的功能性变异。外显子组测序&目标区域测序是指利用特制的探针对感兴趣的蛋白编码区域DNA或某段特定序列进行富集，随后通过高通量测序技术对该目标区域进行深度测序，发现特定遗传信息，极大提高了基因组中外显子&目标区域的研究效率，显著降低了研究成本。该技术可用于鉴定和研究孟德尔疾病，复杂疾病如癌症、糖尿病、肥胖症等的致病基因和易感基因，进行群体研究，如人类罕见遗传变异，肿瘤突变基因研究等，帮助研究人员更好地解释这些疑难杂症的致病机理。
高捕获效率：采用捕获效率更优异的Agilent Human SureSelect V6 kit（58M）进行外显子组捕获。
可靠的基因突变鉴定方案：采用不同的针对性方案进行遗传病与肿瘤突变基因的可靠鉴定。
权威的突变鉴定软件：采用权威的GATK，muTect，VarScan2等软件更准确鉴定突变。
人的细胞，组织，全血，总DNA等
建议总DNA起始量：5 μg，最低1 μg，浓度≥50 ng/μL(Qubit定量)
A：基因组拷贝数变异是基因组变异的一种形式，通常使基因组中大片段的DNA形成非正常的拷贝数量。例如人类正常染色体拷贝数是2，有些染色体区域拷贝数变成1或3，这样，该区域发生拷贝数缺失或增加，位于该区域内的基因表达量也会受到影响。如果把一条染色体分成A-B-C-D四个区域，则A-B-C-C-D/A-C-B-C-D/A-C-C-B-C-D/A-B-D分别发生了C区域的扩增及缺失，扩增的位置可以是连续扩增如A-B-C-C-D也可以是在其他位置的扩增，如A-C-B-C-D。
A：相对于遗传病而言，肿瘤组织样品中突变位点的等位基因频率较低，一方面由于肿瘤细胞在肿瘤组织中的占比偏低，另一方面则由于癌症发展后期产生的突变仅存在于极少量的肿瘤细胞中，采用高深度测序可以尽可能全面的检测到与癌症发生发展相关的变异。通常推荐的外显子测序深度为，癌组织大于150x，癌旁组织/血液大于50x。
A：建议有效测序深度在100x以上。有文献显示外显子组测序深度会影响变异检出率，随着测序深度的升高，变异检出率增大，且达到一定深度时，变异检出达到平稳状态。
心肌梗塞（Myocardial infarction，MI）是一种在全世界范围内致人死亡的常见原因，表现为一种复杂的遗传模式。当MI发生于人生早期（男性≤50岁发病，女性≤60岁发病），遗传因素是主要的风险因素。之前的研究发现，LDL（low-density lipoprotein）基因上的罕见变异增加单个家庭中的成员发生MI风险，而其常见变异与人群中的MI风险相关。该研究关注LDL基因上的罕见变异是否会增加人群在早期发生MI的风险。
研究人员通过结合外显子组测序、基因芯片、靶向测序在大量疾病和对照样本的筛选与MI相关的罕见变异（需要至少10000样本量才能达到80%的统计功效）。研究人员再对筛选到的罕见变异（MAF<1%）进行分组，包括Nonsynonymous、Deleterious（PolyPhen）、Deleterious（broad）、Deleterious（strict）和Disruptive组，采用Burden检验法对这些罕见变异集合进行关联性分析找出与MI显著相关的罕见变异，最后通过计算OR值判断这些罕见变异导致MI的风险。经过分析发现MI患者的2个基因含有罕见变异的频率显著高于正常人。携带LDLR（low-density lipoprotein receptor）罕见非同义突变患MI风险比正常人高4.2倍，携带LDLR 无义突变患MI的风险高13倍。大约2%的早期MI患者LDLR基因含有罕见致病突变。携带APOA5基因罕见非同义突变患MI的风险增加2.2倍。与非携带者相比，LDLR突变携带者的血浆LDL胆固醇较高，APOA5突变携带者的血浆甘油三酯较高。总结其它研究结果来看，脂蛋白甘油三酯以及LDL胆固醇代谢紊乱会增加MI患病风险。
图1 (a)通过对9793例样本进行测序发现位于LDLR的罕见变异（包括MAF<1%的包括无义变异、可变剪切变异、移码变异）。(b) 在不同罕见变异分组中患者的LDL胆固醇水平。
Do, R., et al., Exome sequencing identifies rare LDLR and APOA5 alleles conferring risk for myocardial infarction. Nature, 2015. 518(7537): p. 102-6.
与基因组比对（覆盖度、测序深度）样品比对率是指比对到参考基因组上的数据量占有效测序数据量的比值，反映样本与参考基因组的相似性。测序深度是指比对到参考基因组的碱基总数占基因组的比值；覆盖度是指被测到的该物种基因组碱基总数占该物种基因组长度的百分比。
SNP分析SNP全称Single Nucleotide Polymorphisms，是指在基因组上单个核苷酸的变异，形成的遗传标记，其数量很多，多态性丰富。基因组上单 个核苷酸的变异包括置换，缺失和插入。采用FreeBayes对各样品比对 结果进行个体SNP的检测。
InDel分析InDel (Insertion-Deletion) 是指相对于参考基因组，样本中发生的小片段的插入缺失，该插入缺失可能含一个或多个碱基。根据InDel在基因组中的位置，可以分为编码区序列的InDel和非编码区序列的InDel。编码序列中的InDel发生与编码蛋白质的功能和氨基酸位点在结构和功能上的重要性有关。采用FreeBayes对各样品比对结果进行个体InDel的检测。
