Q：原核生物与真核生物在进行转录组测序文库构建时有什么区别？A：在原核生物中，mRNA只占全部RNA的1-5%，其余绝大部分是核糖体RNA（rRNA），因此在开展转录组测序前，需先将mRNA纯化。然而，原核生物mRNA不具有polyA结构，无法直接利用oligoT将mRNA纯化出来，如果直接用total RNA进行测序，数据质量将非常差，大部分序列都来自rRNA。
提高原核生物中mRNA的量，最主要的方式是去除total RNA中的rRNA。在建库过程中显加入磁珠将rRNA吸附，过滤掉磁珠后的体系再进行下游建库。
 

全基因组测序和转录组揭示蓝藻对青藏高原极端气候的适应机制

研究背景
青藏高原不仅是世界上最高且规模最大的高原，同时具有包括极大的温差、低氧浓度、低压、强紫外线辐射以及狂风等在内的极端环境，且有许多独特的环境，包括雪山、盐水湖泊及干旱沙 漠等，具有极高的生物多样性，为研究适应性进化提供了一个理想的天然实验室。蓝藻是最早的光合放氧生物，几乎可以将所有纬度范围的地区作为栖息地，对于全球生态具有相当大的重要 性；蓝藻可以适应可变渗透压、持续低温及强烈的紫外线辐射等环境。 
 
研究结果
青藏高原蓝藻基因组序列是 5.9 Mb，具有 39.2%的 G+C 含量，总共包括5362 个 CDS。系统进化树表明，这一菌株属于 Trichormus 和 Anabaena 集群。T. sp. NMC-1 和6个近 缘种之间的基因组对比显示，在 T. sp. NMC-1 基因组中，功能未知的基因占据了更高的比例(28.12%)。
转录组分析发现表达显著上调的基因参与膜生物起源、翻译、核糖体结构和生物起源、次生代谢产物生物合成、氨基酸运输和代谢、防御机制等过程；相比之下，下调基因主要参与信 号转导机制、膜生物起源及能源生产和转换。进一步的分析表明，CheY-like 基因、胞外多糖和类菌胞素氨基酸样的氨基酸，可能在极端环境的适应性中扮演重要的角色。 
 
研究结论
青藏高原引起极端环境而具有最高的生物多样性，为研究适应性进化提供了一个理想的天然实验室。该研究绘制了青藏高原蓝藻的基因组序列草图，并在低温下进行了全转录组测序，以探讨 T. sp. NMC-1 适应特殊环境的遗传学机制。明显正向选择的、扩张纯正群的和差异表达的一些基因参与信号转导、细胞壁/膜生物起源、次生代谢产物的生物合成、能源生产和转换，旨在阐 述特殊的适应特征。这些结果表明，蓝藻对青藏高原极端环境的适应性背后，有着复杂的遗传学机制。 

参考文献
Qin Q, Huang Y, Ji Q, et al. The genome and transcriptome ofTrichormussp. NMC-1: insights into adaptation to extreme environments on the Qinghai-Tibet Plateau:[J]. Scientific Reports, 2016, 6:29404.

差异基因 GO 富集 DAG 图有向无环图(Directed Acyclic Graph， DAG)为差异基因GO富集分析结果的图形化展示方式。图中的分支代表包含关系，从上至下所定义的功能范围越来越小，一般选取GO富集分析的结果前10位作为有向无环图的主节点，并通过包含关系，将相关联的GO Term一起展示，颜色的深浅代表富集程度。

差异基因表达模式聚类将有显著差异的基因/转录本进行表达模式聚类分析，采用距离计算算法： 样本间为spearman，基因间为pearson，采用的聚类方法为hcluster（complete算法）。

sRNA 预测原核生物中，长度在 50～500nt 的非编码 RNA 通常定义为小 RNA(small RNA, sRNA)。用 Rockhopper 软件 发现新转录本， 通过将其与 Uniport 数据库进行注释，将未注释到数据库的转录本作为潜在的非编码 sRNA。用RNAFold 分析其茎环结构，进行 二级结构预测。