背景简介
宏转录组学是在转录水平，以特定样本中微生物群落的全部转录本为研究对象，分析微生物群落的基因表达与调控。宏转录组测序，避开了微生物的分离培养，为研究人员提供了从整体水平研究特定环境，特定时期微生物群落基因组转录情况以及转录调控规律的高效工具。
技术优势
样本处理个性化：由于微生物样本组成复杂，将根据不同样本特点，针对性进行样本处理和文库制备。
数据分析优化：精选数据拼接软件，最大程度获取微生物群落基因组转录信息。
注释全面：采用最新版数据库，更精确地注释和分析微生物群落基因表达信息。
跨组学分析：从宏基因组到宏转录组，多个角度解析微生物群落结构与功能。
技术路线
分析内容
样本类型
样本类型：培养的细菌(≥ 5×106)，组织，环境样品，总RNA等
RNA总量：≥ 5 μg，浓度：≥50ng
OD值：260/230≥1.5；260/280≥1.8
完整性（bioanalyzer2100）：RIN值≥7,28S/18S≥0.7，或者峰型锐利，模拟电泳图无弥散，5S峰显示正常的样品
Q1：对于小型动物，如果采样时不能分离肠道和肠道内容物，宿主对宏转录组的影响很大，这种情况下，需要如何解决？
A：对于这种问题可以从以下两个方面进行解决:
1.在实验建库过程中去除宿主污染（比如宏转录组中用去polyA法去除宿主mRNA）；
2.另一种更直接的方法是，加大测序数据量，通过与宿主基因组比对去除宿主污染，但该方法前提是需要有宿主参考基因组，如果宿主没有参考基因组，当污染很高的情况下，基本上没有办法去除宿主污染。
Q2：宏转录组测序完成后是否需要验证？是用qPCR方法验证吗？
A：如果是群落水平的验证，qPCR可以作为一个考虑的方法。但是宏转录组的微生物含量非常不稳定，qPCR不一定具有代表性。最好的办法是找到基因的菌落归属，然后做一些单细菌克隆验证。
Q3：如果不做宏基因组测序实验，那是不是也没有做宏转录组测序的必要？
A：宏转录组和宏基因组关注的点不一样，宏转录组在建库中可能会去掉一些RNA或者功能分析，但是实际上宏转录组相关的文章很多，因此不需要担心这个问题。
宏基因组和宏转录组联合分析绵羊瘤胃中微生物与甲烷产量的关系
反刍动物是单一且最大的人为温室气体甲烷来源的代表。甲烷由反刍动物消化道中的产甲烷古菌产生。虽然相同品种的单个动物之间甲烷产量的差异已被观察到，这种变化的依据仍有待阐明。为探索这种甲烷产量的机理，研究人员测定了22只绵羊的甲烷产量，结果揭示甲烷产量具有可重复、可量化的特征。宏基因组和宏转录组测序证实，甲烷排放量高和低的绵羊都具有类似的产甲烷菌丰度和甲烷生成途径基因。然而，对于甲烷排放量高的绵羊，产甲烷途径基因的转录大幅增加。鉴定出一组瘤胃产甲烷菌，这些产甲烷菌的甲烷生成途径转录谱与甲烷产量相关。上图为瘤胃产甲烷菌进化分析。
参考文献
W Shi，et al. (2014)Methane yield phenotypes linked to differential gene expression in the sheep rumen microbiome. Genome Research. doi/10.1101/gr.168245.113
样本物种丰度柱状图
根据物种注释结果及丰度统计，默认选取各分类水平（界门纲目科属种）丰 度最高的20个物种，进行样品丰度柱状图的绘制，该柱状图以堆叠柱状图 (stacked bar chart)形式展现, 便于更直观地进行样品间物种丰度的比较。 在各个层级中，可以直观的看到优势菌种的表达情况及在各个不同处理 中的变化趋势。
KEGG注释统计根据KEGG注释总表，可以对KEGG注释的总体情况进行Unigene数目的统计。
抗生素耐药基因注释CARD全称是Comprehensive Antibiotic Resistance Database，目前该数据库 仍在不断地更新，该数据库以ARO（Antibiotic Resistance Ontology）为核心对耐药性数据进行整理，以达到数据实时更新的效果。通过对Unigene进行对 应的抗生素耐药性注释，并统计抗生素耐药功能的丰度。
eggNOG功能注释eggNOG是一个用于同源聚类基因群注释的专业数据库，它包括来自原始COG/KOG的功能分类，以基于分类学的功能注释。
