背景简介
蛋白质非标记定量技术（label-free）是通过液质联用技术对蛋白质酶解肽段进行质谱分析，无需使用昂贵的稳定同位素标签做内部标准，只需分析大规模鉴定蛋白质时所产生的质谱数据，比较不同样品中相应肽段的信号强度，从而对肽段对应的蛋白质进行相对定量。与iTRAQ技术相比，Label-free的技术优势就在于蛋白质不需要昂贵的同位素标签进行标记，所需样品总量少，耗费低。Label-free技术可用于高通量的biaomarker筛选、蛋白质相互作用、蛋白质翻译后修饰等方面的定量比较分析。
技术优势
无需标记，操作简单；
所需样本量少，可对微量样本进行分析，不受样本数量限制；
可重复性高，对实验操作稳定性、重复性要求高，至少做三次技术重复或生物重复；
深度覆盖检测动态范围可以达到 8 个数量级以上，提高了低丰度蛋白质的检测效率；
技术路线
分析内容
样本类型
动物组织≥1 mg, 植物组织≥10 mg，细胞≥106个、体液（具体样品信息请咨询我司技术人员）
蛋白提取物：≥300 μg
Q1：Label Free有哪些技术特点？
A：对液相色谱串联质谱的稳定性和重复性要求较高；无需昂贵的同位素标签作内部标准，实验耗费低；对样本的操作也最少，从而使其最接近原始状态，并且不受样品条件的限制，克服了标记定量技术在对多个样本进行定量方面的缺陷。
Q2：iTRAQ和Label Free各有哪些优缺点？
A：（1）iTRAQ优点：1. 不受样品来源制约，几乎可对各种样品进行标记；2.通量高，可同时标记 2-8 个样本；3.可信度高，标记试剂的报告离子的相对分子质量较低，质谱在低分子量区的定性和定量较为准确；4.可进行翻译后修饰分析。
缺点：1.iTRAQ几乎可以与样品中的所有蛋白质相结合，容易受到污染蛋白的影响；2.试剂昂贵，操作繁琐。
（2）Lable Free优点：1.样品需求量低；2.操作简便，不受样品的来源与通道数目的限制；3.单次实验可鉴定和定量更多的蛋白质。
缺点：1.在提取离子信号强度之前，需要对原始数据进行预处理，比较复杂；2. 准确性低，依赖质谱稳定性，在蛋白丰度差距较大时，无标的区分效率较好。
案例一蛋白质组学分析揭示了辣椒细胞质雄性不育中线粒体的强烈参与
文章信息
文章题目：Proteomic analysis reveals strong mitochondrial involvement in cytoplasmic male sterility of pepper (Capsicum annuum L.)
发表杂志：Journal of Proteomics
见刊时间：2017.08
样本与实验方法
样本：辣椒花蕾
实验方法：Label free
文章概述
这是一篇很典型的应用label-free蛋白质组学方法研究花粉发育和雄性不育相关分子机制，共定性定量了324个差异表达蛋白，组织学实验表明花粉中绒毡层细胞的程序化凋亡是雄性不育的最重要的原因。蛋白质组学的生物信息分析结果表明参与花粉外壁形成、丙酮酸代谢、三羧酸循环、线粒体的电子传输及氧化应激反应都可能和细胞败育有关。我们的研究为研究辣椒育种提供了研究的基础。
案例二直肠癌蛋白质组学分型
通过分析95例大肠蛋白质组，一共鉴定到 7526个蛋白质（FDR<2.64%）。基于鉴定到的蛋白质相对定量信息，将本来通过基因型分为3个型的95例样品，更加细分为5个亚型，其中一个具有不良的预后，这样更加有利于精准医疗的参考。
参考文献
Zhang, B., et al. (2014) Proteogenomic characterization of human colon and rectal cancer. Nature 513, 382-387.
