背景简介
microRNA（miRNA）是通过转录后水平调控的靶基因（mRNA）的表达来实现其重要生物学功能。在生物体内，miRNA除了抑制mRNA的翻译外，也会诱导mRNA被剪切降解，从而调控基因表达，发挥生物学功能。相比于动物，在植物中miRNA诱导基因剪切降解的方式会更为普遍。miRNA剪切靶基因会产生二个片段，5‘剪切片段和3’剪切片段，其中3‘剪切片段，包含有自由的5’单磷酸和3‘polyA尾巴，可被磁珠富集，并可在RNA连接酶的作用下连接接头，连接产物经扩增可用于下游的高通量测序。降解组测序正是对mRNA的降解片段进行测序，进而可靠地大规模实验鉴定miRNA靶基因的一种高效工具.
技术优势
用户文章数量最多：用户发表降解组文章约占全球降解组实验性文章总数1/3，国内最多。
业内领先的文库构建：样本起始量更低，建库步骤更少、测序读长更长，更真实反映样本降解组的丰度，显著提高数据准确性
数据分析软件优：使用自主开发的数据分析软件ACGT301-DEG101，并结合CleaveLand，分析可靠性经过数千个实验项目检验
项目经验丰富：国内最早开展降解组测序服务，成熟的研究组合方案，帮助用户研究成果快速发表。
技术路线
分析内容
样本类型
细胞，组织，总RNA等
建议总RNA起始量：50 μg，最低25 μg，浓度≥400 ng/μL
近期用户文章
1. Li H, Peng T, Wang Q, Wu Y, Chang J, Zhang M, Tang G, Li C. (2017) Development of Incompletely Fused Carpels in Maize Ovary Revealed by miRNA, Target Gene and Phytohormone Analysis. Frontiers in Plant Science 8(1), 463.
2. Wang Q, Li T, Xu K, Zhang W, Wang X, Quan J, Jin W, Zhang M, Fan G, Wang M. (2016) The tRNA-Derived Small RNAs Regulate Gene Expression through Triggering Sequence-Specific Degradation of Target Transcripts in the Oomycete Pathogen Phytophthora sojae. Frontiers in Plant Science 7,
3. Tang F, Wei H, Zhao S, Wang L, Zheng H, Lu M. (2016) Identification of microRNAs Involved in Regeneration of the Secondary Vascular System in Populus tomentosa Carr. Frontiers in Plant Science 7(1),
4. Gao F, Wang N, Li H, Liu J, Fu C, Xiao Z, Wei C, Lu X, Feng J, Zhou Y. (2016) Identification of drought-responsive microRNAs and their targets in Ammopiptanthus mongolicus by using high-throughput sequencing. Scientific Reports 6(1), 34601.
5. Zhou R, Wang Q, Jiang F, Cao X, Sun M, Liu M, Wu Z. (2016) Identification of miRNAs and their targets in wild tomato at moderately and acutely elevated temperatures by high-throughput sequencing and degradome analysis. Scientific Reports 6(1), 33777.
6. Zhang J, Huang M, Liang J, Pan Y, Cheng L, Wu J, Tong Z. (2016) Genome-wide mining for microRNAs and their targets in Betula luminifera using high-throughput sequencing and degradome analyses. T
Q1：降解组测序所适用的物种？
A：相对于动物，植物更适用于运用降解组测序研究miRNA的靶基因。而相对于转录组信息并不全的物种来说，模式生物或者有详细转录组信息的物种更适用于运用降解组测序研究miRNA的靶基因。
Q2：降解组测序实验是否保证测序实验结果的数据量？
A：联川公司承诺每一个降解组测序实验均保证测序数据量达到500万以上。
Q3：降解组测序除了能检测miRNA的靶基因外还能做哪些研究？
A：首先我们需要了解降解组测序最大的一个作用就是寻找miRNA的靶基因，当然随着研究人员对降解组数据进行深入的分析发现其也能用于研究miRNA的自我调控、ta-siRNA、前体序列的加工以及用于检测新的miRNA等。本公司目前所提供给客户的仅为miRNA的靶基因信息，对于更进一步的数据分析，您可与本公司技术客服沟通定制。
研究背景
种子休眠，包括初生休眠和次生休眠，不仅是植物应对不利环境的一种适应对策，而且可以阻止作物的成熟种子在收获前萌发，从而有效避免减产。另一方面，打破种子休眠则可以促进种子萌发，从而在作物种植和林业育苗中实现整齐出苗。因此，了解种子的休眠特性及其调控机制，在农林业生产实践中具有极其重要的意义，然而这方面的研究却鲜为人知。
研究结果
本项研究以我国重要经济林树种杉木为研究对象，综合使用透射电子显微技术、转录组测序、降解组测序、 ACGT101-miR分析和高效液相色谱—质谱等多种技术，研究杉木新成熟种子、 12d低温层积处理种子、 35℃储存40d种子休眠释放和诱导过程中，细胞学、基因表达和激素水平等方面的变化，系统阐释了杉木种子的休眠循环过程及其调控机制。光学显微镜和透射电子显微镜显示，种子初生休眠释放期，蛋白体在胚胎细胞中合并，而在次生休眠诱导期间分离。转录组结果分析表明，初生休眠释放期间，负调控GA敏感性的基因显著下调表达；次生休眠诱导期间，正调控ABA生物合成的基因显著上调表达。在种子休眠释放和诱导期间，细胞学和基因表达的可逆变化与ABA/GA平衡有关。此外，初生休眠期间，mRNA降解可以作为关键性的转录后调节器发挥功能。一些miRNA通过调控激素信号关键基因参与种子生理休眠过程。
图 杉木种子生理休眠的调控机制和初生、次生休眠间的差异
参考文献
Cao DC, et al. (2016) Transcriptome and Degradome Sequencing Reveals Dormancy Mechanisms of Cunninghamia lanceolata Seeds. Plant Physiology.DOI:10.1104/pp.16.00384
GO富集性柱状图在所有的选定的miRNA靶基因中，将这些基因对应的GO注释按照Molecular Function、Biological Process和Cellar Component分为三类， 并且将每一类中的GO功能按照注释到的靶基因个数从高到低排序，并 进行作图，横坐标是对GO的分类，纵坐标是靶基因所占的百分比，可 以直观地看出注释到同一个GO的靶基因数目所占的百分比。
GO富集性散点图GO的基本单位是term(词条、节点)，每个term都对应一个属性。GO功能显著性富集分析首先把所有显著性差异表达基因向Gene Ontology数据库的各term映射，计算每个term的基因数目，然后应用超几何检验，找出与整个基因组背景相比，在显著性差异表达基因中显著富集的GO条目。联川生物采用ggplot2对GO富集分析结果以散点图展示：Rich factor表示位于该GO的差异基因个数/位于该GO的总基因数，P值越小，GO富集程度越高。
KEGG通路图Pathway通路图展示与说明：红色代表注释到某个ko节点且上调的显著差异表达基因，蓝色或紫色代表注释到某个ko节点且下调的显著差异表达基因。方框内的4位数字表示各种酶的EC编号；空心圆圈表示小分子化合物；实心箭头表示生化反应的方向；虚线箭头连接其他的相关代谢途径。下图仅为报告中的展示图片ko04310。
KEGG通路分类图KEGG PATHWAY数据库是一个手工画的代谢通路的集合，包含以下几方面的分 子间相互作用和反应网络：1.新陈代谢、2.遗传信息加工、3.环境信息加工、4.细胞过程、5.生物体系统、6.人类疾病、7.药物开发。图中对KEGG pathway进行了分类，并且显示每条通路上的基因数目.
KOG分类图KOG 是 Clusters of orthologous groups for eukaryotic complete genomes（真核生物蛋白相邻类的聚簇）的缩写。构成每个 KOG 的蛋白都是被假定为来自于一个祖先蛋白，并且因此或者是 orthologs 或者是 paralogs。Orthologs是指来自于不同物种的由垂直家系（物种形成）进化而来的蛋白，并且典型的保留与原始蛋白有相同的功能。Paralogs 是那些在一定物种中的来源于基因复制的蛋白，可能会进化出新的与原来有关的功能。对基因进行 KOG 功能分类预测：共有 25 个 KOG 分类。
targets-plot，靶基因鉴定信息图将降解组序列文件和mRNA序列文件进行配对并生成降解组密度文件（degradome density file），文件内包括mRNA序列编号、长度、配对位点、reads数和RPM并给出降解组的峰值分类，然后对产生的预测结果进行作图，以图形的模式更直观的展示所检测到的miRNA相对的靶基因。
