背景简介
RNA immunoprecipitation sequencing (RIP-seq)是RNA免疫共沉淀结合高通量测序的一种技术,通过免疫沉淀靶蛋白来捕获互作的RNA。其原理是运用针对目标蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来,然后经过分离纯化获得结合在复合物上的RNA,再通过高通量测序实现对目的RNA的信息分析。RIP技术与高通量测序的结合,能帮助研究人员从全基因组层面了解转录后调控网络的动态过程。
技术优势
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分析流程
分析内容
样本类型
个体较小动物如小鼠、雏鸡、斑马鱼等肝脏、心脏、脑等组织>1g;
个体较大动物如猪、牛、羊等肌肉、晚期胚胎等组织>2g,脂肪组织>10g;
昆虫等整只个体>3g;
肿瘤组织>1g;
植物组织:果实>10g,花序、花蕊、花粉>2g,其他部位>5g;
细胞样本>1×108个
Peak 在基因功能元件上的分布
peak 以及周边基因结构的可视化
motif 分析