昨日,国家心血管病专家委员会血管外科专业委员会的专家学者发布了《遗传性胸主动脉瘤/夹层基因检测及临床诊疗专家共识》,旨在阐述基因检测在遗传性胸主动脉病诊断及筛查中的作用,以及明确诊断后针对各种类型胸主动脉病患者提出医疗和生活方式管理方面的建议。共识一经发出,引起关注此类疾病同行朋友们的热烈讨论,本文就共识中一些大家较关注的点做一些分析。(详细共识解读请查看:《遗传性胸主动脉瘤/夹层基因检测及临床诊疗专家共识》)
病史采集及临床诊断建议中提出,建议详细采集患者个人临床信息和家族史。因为胸主动脉瘤患者通常无症状,直到突发急性主动脉并发症才紧急就医,很多时候已经错过最佳预防及治疗期。提前了解患者基因信息,做好预防性措施,可以起到防范于未然的作用。
临床治疗及随访检查建议中提出,主动脉患者何时进行药物和手术治疗,除依据患者的病理指征外,不同基因突变导致的不同亚型的主动脉病凶险程度有差异,对于主动脉手术时机的选择也具有一定指导意义。同时,针对不同基因背景和个体因素的胸主动脉病患者,需要选择合适的预防性手术指征,以及合适的监测、随访周期及检查方式。
在遗传学检测及家系筛查建议中提出,对遗传性主动脉病患者进行基因检测,一方面可在患者症状表现完全之前明确诊断,另一方面也可提示疾病的临床特征,指导干预时机、治疗方案及预后管理。依据先证者的基因检测结果,对家系成员进行特定位点筛查,具有辅助诊断、症状前干预及预后判断等作用。多项专家共识都阐述了基因检测在主动脉病诊断、治疗及管理中的重要作用,并提供了具体的指导方案,见图。
根据专家共识建议,主动脉疾病相关基因突变的检测对于主动脉疾病的治疗具有极其重要和关键的作用。
在前期市场调研中我们了解到这类疾病基因检测的市场需求,并与相关专家共同开发了一款遗传性主动脉疾病基因检测试剂盒,包含18个主动脉疾病相关基因的编码区,覆盖刚发布的共识中10个检测至少要包含的核心基因,并覆盖7个可以包含的基因,为客户提供一个较为全面的主动脉疾病基因检测解决方式。(产品详情请点击:VariantPro遗传性主动脉疾病(Heritable Aortic Disease )Panel介绍)
遗传性主动脉疾病基因检测Panel基本性能
针对13种遗传性主动脉疾病:马凡综合征、Loeys-Dietz综合征、Ehlers-Danlos综合征、先天性挛缩性蜘蛛指综合征、Shprintzen-Goldberg综合征、家族性胸主动脉瘤/夹层等
18个基因的编码区:SKI、TGFB2、COL5A2、COL3A1、TGFBR2、MYLK、FBN2、COL5A1、TGFBR1、NOTCH1、PRKG1、ACTA2、KIAA1279、FBN1、SMAD3、MYH11、SMAD4、SLC2A10
Panel Size:68.08kb
方法学: NGS法
采用技术:VariantProTM一步式捕获建库方法
适配平台:Illumina NextSeq, MiSeq, MiniSeq, HiSeq2000/2500/3000/4000/X, NovaSeq
测序模式:PE150
扩增子覆盖度:99.61%
DNA需求量:100-200ng
操作时间:捕获建库手动操作时间20分钟左右;PCR时间6-8小时;上机前文库纯化时间60分钟左右
富集特异性:90±5%
扩增子均一性:90±5% at 0.2×mean coverage
测序数据量与覆盖深度
扩增子均一性:90±5%at 0.2×mean coverage
困难扩增子分析
#418扩增子(394bp)高GC;#77扩增子(410bp)低GC,重复区域,存在polyA。以上两个扩增子扩增困难。#55扩增子(400bp)局部低GC,增加数据量可以提高覆盖度。
根据《单基因遗传性心血管疾病基因诊断指南》(2019版),NGS无法捕获的区域,可以用sanger测序进行补测。试剂盒中总计2个扩增子,合计170bp区域难以捕获,可以用2个反应sanger测序补测。
VariantPro™一步式多重PCR方法
1.提升特异性——omega primer需要3p臂和5p臂同时特异结合模板,理论特异性提升超过26,000倍。
2.宽容模板变异——5p arm的长度基本达到35bp以上,允许引物最大程度的错配能力。
3.降低引物二聚体的形成——OmegaPrimer中负责特异性扩增的3p arm在(15-17nt),减少了引物二聚体形成的可能性。
4.容纳更长的真实序列——相较于传统多重PCR引物,OmegaPrimer中引物所占扩增子区域减小,有效序列比例提高。
通用引物与特异性引物一起加入PCR反应管中,只需一个PCR体系即可完成靶向序列捕获到测序文库制备全过程。无需开管、闭管、转管操作,最大程度减少实验室外部污染,最大限度避免人工操作可能引入的错误和系统误差。
参考文献
1.国家心血管病专家委员会血管外科专业委员会. 遗传性胸主动脉瘤/夹层基因检测及临床诊疗专家共识. 中国循环杂志,2019, 34: 319-325.
2.ErbelR, AboyansV, BoileauC,et al. 2014 ESC Guidelines on the diagnosis and treatment of aortic diseases:Document covering acute and chronic aortic diseases of the thoracic and abdominal aorta of the adult TheTask Force for the Diagnosis and Treatment of Aortic Diseasesof the European Society of Cardiology (ESC). Eur Heart J, 2014, 35: 2873-2926.
3.杨航等.遗传性主动脉疾病基因检测的应用.中国循环杂志2016 年3月第31卷第3期(总第213期)
4.中华医学会心血管病学分会,精准心血管病学学组,中国医疗保健国际交流促进会,精准心血管病分会中华心血管病杂志编辑委员会.单基因遗传性心血管疾病基因诊断指南[J],中华心血管病杂志2019年3月第47卷第3期
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VariantBaits™ Target Enrichment System
液相杂交捕获系统
基于自主知识产权μParaflo® 微流体芯片平台合成RNA捕获探针,采用液相杂交技术捕获靶标DNA,使用生物素标记探针诱饵,探针序列与靶向序列互补,完成靶向序列文库的富集与制备。可用于从小到大规模的基因捕获,容忍某些局部模板的变异。
VariantPro™ One-Step Multiplex PCR System
一步式多重PCR建库系统
经过LC Sciences科学家两年潜心攻关,于2015年成功研发出VariantPro™一步式多重PCR建库系统,在目标区域进行引物设计,通过多重PCR的方式进行目标区域扩增,通常不受引物间模板变异的影响。文库制备可简化成一步,人工操作时间仅5分钟,可用于小到中规模的基因捕获。